企业涉及的税款，并不是都由税务机关征收。有一部分税款，会由海关进行征收。可以说，税务机关和海关属于平行的两条线。
不适用征管法的税有哪些？
不适用征管法的税有：关税、船舶吨税以及海关代征的进口增值税、消费税。
我们国家的税收征管工作，主要的依据就是征管法。当然，也不是说所有的税种都适用于征管法。
我国的税收征管工作，主要分为两个部门，即税务机关和海关。一般的情况下，税务机关征收的税适用于征管法，而海关征收的税适用于海关法，而是不适用于征管法。
关税和船舶吨税只有企业在进出口环节才会涉及，征收的部门自然就是海关。企业在进出口环节，不仅需要缴纳关税，也会缴纳增值税和消费税。在海关环节涉及的增值税和消费税也是有海关征收的。这些有海关征收的税，自然需要适用于海关法。
教育费附加的征收，适用于征管法的规定吗？
从征管法的相关规定来看，对于教育费附加的征收没有做出具体的规定。但是，征管法里面没有具体的规定，不代表教育费附加不适用于征管法的管理。
这是因为，征管法里面虽然没有关于征收教育费附加的相关规定，但是在《征收教育费附加的暂行规定》里面有明确的规定，那就是教育费附加的征税参照消费税、增值税的有关规定办理。
既然参考消费税、增值税的有关规定，自然也是符合征管法的有关规定。
当然，我们也知道教育费附加的计税依据是消费税和增值税的实际缴纳额。所以，教育费附加的征收自然需要符合征管法的有关规定。
税务机关与海关
我国的税收主要有税务机关和海关征收。但是，由于税务机关和海关是两个平行的机构，不存在谁管理谁的情况，但是由于征收工作存在一定的交集，所以他们之间的合作会很多。
但是，他们虽然都是税款的征收机关，但是由于征收管理的不同，他们之间在合作时也会存在各种各样的困难与冲突。
另外由于我们国家没有统一的税收规定，也会导致税务机关和海关在税收程序上面会存在差异。可以说，这些问题对于税收征管的影响会越来越大。
毕竟，税务机关对于税收的管理适用的征管法，海关征税时适用的是海关法。而这两部法律不仅互不兼容，而且还相互排斥。这些问题的存在，都不利于保护纳税人的合法权益。
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